Skripsi

Pengembangan metode deteksi dna tikus rumah (rattus rattus) menggunakan PCR/ Siti Muflihatul Khoiriyah

Abstrak
Salah satu isu yang berkembang di masyarakat adalah adanya pemalsuan daging sapi dengan daging non halal seperti tikus. Metode deteksi yang telah dikembangkan berbasis DNA cytb menggunakan PCR tidak mampu mendeteksi daging tikus got (Rattus novergicus) dengan konsentrasi di bawah 5% (w/w). Sensitifitas metode PCR dapat ditingkatkan dengan memodifikasi primer yang digunakan. Pada penelitian ini DNA tikus rumah diperoleh dari daging tikus yang didapatkan di kota Malang. Tujuan dari penelitian ini untuk (1) Mengetahui urutan basa gen cytb tikus rumah (2) Mendapatkan sepasang primer spesifik yang mampu mengamplifikasi fragmen DNA cytb tikus rumah berdasarkan urutan basa nukleotida gen cytb dari tikus rumah lokal Malang (3) Mengetahui kemampuan dan spesifisitas primer dalam mengamplifikasi fragmen DNA cytb tikus rumah dan (4) Mengetahui limit deteksi analisis DNA tikus rumah yang bercampur dengan DNA sapi menggunakan metode PCR. Penelitian ini merupakan penelitian laboratoris yang terdiri dari 6 tahapan (1) Isolasi dan kuantifikasi DNA tikus rumah dan sapi (2) Desain Primer untuk isolasi total gen cytb tikus rumah (3) Amplifikasi dan sequencing gen cytb tikus rumah (4) Desain primer spesifik untuk mengamplifikasi fragmen gen cytb tikus rumah (5) Uji kemampuan dan spesifitas primer dalam mengamplikasi fragmen gen cytb tikus rumah dengan metode PCR (6) Uji limit deteksi primer dalam mengamplikasi fragmen gen cytb tikus rumah dengan metode PCR. Hasil penelitian menunjukan bahwa (1) Gen cytb tikus rumah lokal Malang memiliki panjang 1102 pb dan berkerabat dekat dengan spesies Rattus rattus dengan nilai query cover 96% dan persen identity 95 08% (2) Sepasang primer yang telah disintesis yaitu forward 5 -CACAGGGCTAAACTCTGACG-3 (FPRM) dan reverse 5 -TGTAGGAATGGTAGAAAGGC-3 (RPRM) mampu mengamplifikasi fragmen DNA tikus rumah dengan panjang sekitar 300 pb (3) Primer FPRM dan RPRM terbukti spesifik mengamplifikasi fragmen gen cytb tikus rumah dan tidak mampu mengamplifikasi DNA sapi secara spesifik (4) Primer FPRM dan RPRM mampu mengamplifikasi fragmen gen cytb tikus rumah dalam campuran DNA tikus rumah dan sapi pada limit deteksi 6 pg/ micro L dengan tingkat cemaran 1% DNA tikus (60 fg/ mu L). Hasil penelitian yang diperoleh dapat disimpulkan dapat meningkatkan proses deteksi DNA tikus yang bercampur dengan DNA sapi.

Informasi Detail

DDC

SKRIPSI DIGITAL

Prodi

Universitas Negeri Malang. Program Studi Bioteknologi, 2023.

Deskripsi Fisik

x, 57 lembar : ilus.

Bahasa

Indonesia

No Reg

3392/RS/23

Edisi

Skripsi (Sarjana)--Universitas Negeri Malang. 2023

Subjek

Pembimbing

1. Dr. Suharti, S.pd, M.si;2. Dr. Norman Yoshi Haryono, S.si

Lampiran Berkas