Skripsi

Pengembangan program deteksi mutasi menggunakan algoritma needleman-wunsch studi kasus pada mutasi monkeypox / Jiilaan Hani Safitri

Abstrak
Komputasi dalam bidang biologi dikenal sebagai bioinformatika. Metode bioinformatika untuk mengidentifikasi mutasi DNA salah satunya adalah global sequence alignment yang dapat diterapkan melalui algoritma Needleman-Wunsch. Algoritma Needleman-Wunsch merupakan perluasan algoritma pencocokan string pada teks atau barisan sebagai salah satu implementasi Dynamic Programming. Salah satu alat yang menerapkan teknik ini adalah BLAST yang dapat menemukan penjajaran terbaik antar sekuen dan basis data sebanyak dan secepat mungkin walaupun mengorbankan keakuratannya. Namun BLAST tidak dapat mendeteksi mutasi pada kedua sekuen yang telah disejajarkan tersebut. Penelitian ini mengembangkan program deteksi mutasi yang menerapkan teknik global sequence alignment menggunakan algoritma Needleman-Wunsch. Metode dalam penelitian ini meliputi pengembangan program deteksi mutasi uji validasi parameter program dengan hasil parameter BLAST dan uji validasi keakuratan program dengan membandingkannya dengan data mutasi virus Monkeypox (MPXV). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa program menghasilkan data deteksi mutasi insersi dan mutasi delesi kurang akurat akibat skema penempatan celah yang belum sempurna pada setiap kodon namun tidak terdapat masalah pada deteksi mutasi subtitusi. Hasil data deteksi mutasi subtitusi program relevan dengan hasil penelitian mutasi MPXV oleh Wang dkk bahwa gen OPG105 dan OPG210 berkontribusi dalam mutasi nukleotida pada wabah cacar monyet tahun 2022 yaitu 4 mutasi APOBEC3 GG-ke-AA dan 2 mutasi APOBEC3 CC-ke-TT.

Informasi Detail

DDC

SKRIPSI DIGITAL

Prodi

Universitas Negeri Malang. Program Studi Bioteknologi, 2023.

Deskripsi Fisik

xiii, 98 hlm. : ilus.

Bahasa

Indonesia

No Reg

4363/RS/23

Edisi

Skripsi (Sarjana)--Universitas Negeri Malang. 2023

Subjek

1. ALGORITMA KOMPUTER - BIOINFORMATIKA - MUTASI
2. CACAR MONYET - MUTASI
3. COMPUTER ALGORITHM - BIOINFORMATICS - MUTATION

Pembimbing

1. Dr. Evi Susanti, S.Si, M.Si; 2. Kennis Rozana, S.Pd, M.Si

Lampiran Berkas