Skripsi

Kloning gen b-laktamase dari p62729 dan analisis struktur proteinnya / Anggun Sari Anjar Wati

Abstrak
Enzim beta -laktamase merupakan enzim yang dapat menghidrolisis cincin beta - laktam. Penggunaan rekombinan p62729 dalam penelitian ini sebagai plasmid konstruk penyandi gen beta -laktam. Pada tahap inokulasi p62729 di media antibiotik tidak terdapat koloni yang tumbuh akibat kadar antibiotik yang tidak sesuai handling bakteri mutasi DNA yang dapat diakibatkan oleh adanya transfer gen antar organisme dimana pada penelitian ini berfokus pada analisis molekuler gen penyandi beta -laktamase untuk mengkonfirmasi urutan gennya. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan E. coli transforman dari rekombinan pTA2 yang mengkode gen beta -laktamase dari p62729 melalui kloning vektor dengan demikian urutan gen beta -laktamase dapat dikonfirmasi dengan sekuensing dan analisis in silico protein serta dapat digunakan untuk tahap overekspresi. Penelitian ini dilakukan secara laboratoris dan terdiri dari lima tahapan yaitu (1) Peremajaan p62729 pada sel E coli (2) Isolasi DNA plasmid (3) Amplifikasi PCR untuk mengetahui keberadaan gen beta -Laktamase (4) kloning gen pengkode beta - Laktamase untuk mendapatkan gen yang utuh dari beta -Laktamase (5) sekuensing dan analisis struktur proteinnya. Berdasarkan hasil penelitian telah diperoleh koloni positif transforman dan dari analisis sekuensing diperoleh sekuen gen T7 sebanyak 1.381 pb dan T3 sebanyak 1.290 pb dengan hasil pensejajaran diperoleh sekuen 861 pb. Sekuen hasil kloning disejajarkan dengan sekuen gen beta -laktamase dari p62726 dan hasil dari pensejajaran sekuen tersebut memiliki tingkat kemiripan yang rendah sehingga dilakukan translasi dengan jumlah 286 asam amino yang memiliki kemiripan dengan TEM family class A beta -laktamase pada bakteri E. coli hingga 100%. Hasil sekuen yang diperoleh dianalisis dengan I-TASSER untuk mendapatkan struktur tiga dimensi protein dengan nilai confidence tertinggi sebesar -0 32 yang memiliki kemiripan dengan protein chaperone PDB hit 5aq7a dan enzim commission atau klasifikasi enzim termasuk kelas hidrolase.

Informasi Detail

DDC

SKRIPSI DIGITAL

Prodi

Universitas Negeri Malang. Program Studi Bioteknologi, 2023.

Deskripsi Fisik

xiii, 62 hlm. : ilus.

Bahasa

Indonesia

No Reg

5203/RS/23

Edisi

Skripsi (Sarjana)--Universitas Negeri Malang. 2023

Subjek

1. BIOTEKNOLOGI - KLONING ENZIM - BETA-LAKTAMASE
2. BIOTEKNOLOGI - STRUKTUR PROTEIN
3. BIOTECHNOLOGY - ENZYME CLONING - BETA-LAKTAMASE

Pembimbing

1. Dr. Suharti, S.Pd, M.Si; 2. Dr. Norman Yoshi Haryono, S.Si

Lampiran Berkas