Skripsi

Metode deteksi dna tikus lokal kota malang dalam olahan daging sapi dengan marka gen nd1 menggunakan polymerase chain reaction (pcr) / Aisyah Nurramadhani

Abstrak
Indonesia memiliki populasi umat muslim paling banyak di dunia. Agama islam mewajibkan umatnya mengonsumsi makanan halal seperti yang telah diatur dalam Al-Qur rsquo an dan diperjelas oleh Majelis MUI dan dibantu dengan UUJPH. Walaupun sudah terdapat hukum yang sangat otentik temuan campuran makanan haram masih ditemukan. Salah satunya adalah ditemukannya cemaran daging tikus dalam makanan olahan dalam pangsit dan bakso yang memunculkan keresahan di masyarakat. Tikus merupakan hewan yang haram untuk dikonsumsi dengan alasan hama yang kotor dan menjijikkan. Dari sisi kesehatan juga disarankan untuk tidak mengonsumsi daging tikus karena menjadi carrier penyakit. Maka dari itu dibutuhkan deteksi daging tikus pada makanan olahan diperlukan metode molekuler berbasis DNA menggunakan PCR. PCR merupakan teknologi sintesis dan amplifikasi fragmen DNA secara enzimatis. Mitokondrial DNA (mtDNA) lebih sering digunakan sebagai primer karena high copy number DNAnya. Pada penelitian ini digunakan gen NADH dehidrogenase 1 (ND1) karena memiliki kestabilan tinggi saat di amplifikasi. Sampai saat ini setelah dilihat pada data GenBank sekuens ND1 dari Rattus rattus lokal di Kota Malang belum pernah dilaporkan. Apabila akan dilakukan desain primer fragmen perlu diketahui terlebih dahulu urutan nukleotidanya. Oleh sebab itu penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sekuens gen ND1 tiku lokal yang diawali isolasi DNA perlu dilakukan di tahap awal dengan sampel daging tikus lokal yang telah didapatkan dan mendesain primer whole gene ND1 hingga ke tahap desain primer fragmen gen ND1. Pasangan primer yang telah didapatkan diuji kemampuan amplifikasinya terhadap sampel DNA murni dan campuran. Serta perlu dikembangan pengaplikasian pada sampel daging campuran dan makanan olahan daging dalam bentuk bakso hingga didapatkan limit deteksi dari pasangan primer masing-masing. Penelitian ini dilakukan secara laboratoris dan dibagi menjadi 8 tahapan yaitu (1) Pengambilan sampel tikus rumah lokal di Kota Malang (2) Desain primer isolasi total gen ND1 tikus (3) Isolasi dan kuantifikasi DNA tikus sapi dan sampel pengujian (4) Amplifikasi gen ND1 total pada tikus lokal dan sapi (5) Sekuensing dan analisis hasil amplifikasi (6) Desain primer fragmen spesifik pada gen ND1 tikus (7) Pengujian kemampuan dan spesifisitas primer spesifik dan (8) Pengujian limit deteksi primer spesifik. Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan didapatkan sampel tikus lokal Kota Malang dari Pasar Blimbing dan desain primer dari marka gen ND1 Rattus rattus yang dapat mengamplifikasi gen ND1 total dari tikus lokal Kota Malang dengan urutan pasangan primer forward 5 rsquo CTTAAAACCTTGTTCCCAGG rsquo 3 (FRND1) dan sekuens reverse 5 rsquo CACTCTATCAAAGTAACTC rsquo 3 (RRND1). Hasil sekuensing yang telah didapatkan dilakukan proses BLAST dan menunjukkan kekerabatan dengan Rattus sp. NH2147 dengan panjang 972 bp dari hasil tersebut didesain pasangan primer yang dapat mengamplifikasi fragmen gen ND1 dari tikus secara spesifik. Uji coba pasangan primer dilakukan pada DNA tikus dan sapi didapatkan 3 pasangan yang dapat mengamplifikasi gen target sesuai panjang fragmen DNA yang dituju. Pasangan primer 1 dengan urutan forward 5 rsquo GCAAAGGCCCCAACATTGTA rsquo 3 dan reverse 5 rsquo GGGTGAGGTATTGGTAGGGG rsquo 3. Pasangan primer 2 memiliki urutan sekuens forward 5 rsquo CCCTACCAATACCTCACCCC rsquo 3 dan reverse 5 rsquo ACAGACAGGAGGATGATGGC rsquo 3. Kemudian pada pasangan primer 3 dengan forward 5 rsquo AGCCATCATCCTCCTGTCTG rsquo 3 dan reverse 5 rsquo AGCTCGGTTTGTCTCTGCTA rsquo 3. Pengujian juga dilakukan pada DNA campuran daging campuran dan bakso dengan daging campuran. Pasangan primer 1 memiliki limit deteksi 1% dengan faktor pengenceran . Di sisi lain pasangan primer 2 dan 3 memiliki limit deteksi 1% dengan faktor pengenceran pada sampel bakso. Dari semua pasangan primer yang telah diuji pasangan primer 1 merupakan primer yang paling potensial dalam mengamplifikasi fragmen gen ND1 tikus.

Informasi Detail

DDC

SKRIPSI DIGITAL

Prodi

Universitas Negeri Malang. Program Studi Bioteknologi, 2024.

Deskripsi Fisik

xvi, 80 hlm. : ilus.

Bahasa

Indonesia

No Reg

5499/RS/25

Edisi

Skripsi (Sarjana)--Universitas Negeri Malang. 2024

Subjek

1. DETEKSI DNA RODEN LOKAL - ANALISIS PCR PRODUK DAGING SAPI
2. LOCAL RODENT DNA DETECTION - PCR ANALYSIS OF BEEF PRODUCTS

Pembimbing

1. Dr. Suharti, S.pd, M.si; 2. Dr. Norman Yoshi Haryono, S.si

Lampiran Berkas