Skripsi

Analisis filogenetik kura-kura (Cuora amboinensis) di daerah Sulawesi berdasarkan DNA mitokondria (Cytochrome c Oxidase Sub Unit 1) / Fyrga Afryani

Abstrak
Afryani Fyrga. 2014. Analisis Filogenetik Kura-Kura (Cuora amboinensis) di Daerah Sulawesi Berdasarkan DNA Mitokondria (Cytochrome c Oxidase Sub Unit I). Skripsi Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Malang. Pembimbing (1) Prof. dr.agr. H. Mohammad Amin S.Pd. M.Si. (2) Sofia Ery Rahayu S.Pd. M.Si. Kata Kunci Cuora amboinensis filogenetik jarak genetik cytochrome c oxydase sub unit I (COI). Cuora amboinensis merupakan spesies endemik Indonesia Timur yang sebarannya merata di wilayah Sulawesi dan sekitarnya. Populasi Cuora amboinensis semakin menurun karena perburuan dan perdagangan ilegal. Selain itu masalah pencemaran air dan kerusakan habitat perairan juga menjadi ancaman terhadap keberadaan hewan ini. Maka dari itu IUCN (International Union For Conservation of Nature and Natural Resources) atau Uni Konservasi Dunia telah memasukkan populasi C. amboinensis ke dalam kategori rentan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis filogenetik dan hubungan kekerabatan pada Cuora amboinensis di Sulawesi menggunakan gen mitokondria Cytochrome c Oxidase Sub Unit 1 (COI). Jenis penelitian ini adalah deskriptif eksploratif. Objek berasal dari koleksi jaringan ekor kura-kura yang disimpan di Laboratorium Biologi Molekular Jurusan Biologi FMIPA UM. Semua kura-kura berasal dari pulau Sulawesi di daerah Makasar 2 objek dan Kendari 2 objek dengan pertimbangan sebaran geografis. Amplifikasi menggunakan primer COI Forward 5- TCG ACT AAT CAT AAA GAT ATC GGC AC -3. Analisis genetik menggunakan software MEGA 5 dengan metode penghitungan jarak genetik dan jumlah mutasi sedangkan untuk analisis filogenetik menggunakan model Neighboor Joining (NJ) dan Minimum Evolution (ME). Berdasarkan analisis data diperoleh hasil perbandingan sekuens dan komposisi basa yang menunjukkan individu Cuora amboinensis dari daerah Makasar dan Kendari memiliki jarak genetik sebesar 0 000 yang berarti memiliki karakter yang sama persis. Hal tersebut dikarenakan persebaran kedua individu berasal dari daerah yang sama yaitu Sulawesi.. Apabila dibandingkan dengan Cuora yunnanensis Cuora boureti Cuora aurocapitata dan Cuora garbinifrons menghasilkan jarak genetik yang jauh yang berarti sekuens dari individu-individu tersebut tidak sama. Hal tersebut disebabkan oleh persebaran keempat spesies cukup jauh yaitu Cuora yunnanensis Cuora boureti berasal dari Cina dan Cuora aurocapitata dan Cuora garbinifrons berasal dari Vietnam. Hubungan kekerabatan COI menggunakan model Neighbor-Joining dan model Minimum Evolution dengan pengolahan bootstrap 1000 terlihat bahwa Cuora amboinensis Makasar dan Kendari membentuk satu subcluster yang sama. Analisis selanjutnya dilakukan pembanding dengan spesies outgroup untuk membuktikan posisi taksa Cuora amboienensis. Spesies yang digunakan moyang adalah Rana pyrenica yang termasuk dalam kelas Amfibi. Hasil topologi pohon filogenetik menunjukkan bahwa outgroup berada pada cabang yang terpisah jauh dengan kelompok sample Cuora amboinensis.

Informasi Detail

DDC

Rs 597.92 AFR a

Prodi

Universitas Negeri Malang. Program Studi Biologi, 2014.

Deskripsi Fisik

viii, 64 lembar : il., tab. ; 30 cm

Bahasa

Indonesia

No Reg

04549/KI/14

Edisi

Skripsi (Sarjana)-- Universitas Negeri Malang, 2014

Subjek

1. KURA - KURA

Pembimbing

1. Mohamad Amin ; 2. Sofia Rahayu

Lampiran Berkas