Disertasi

Keragaman genetik laor (Polychaeta) dari Perairan Maluku dan pengembangan monograf tentang Laor / Sintje Liline

Abstrak
ABSTRAK Liline Sintje. 2017. Keragaman Genetik Laor (Polychaeta) dari Perairan Maluku dan Pengembangan Monograf tentang Laor. Disertasi Program Studi Pendidikan Biologi Pascasarjana Universitas Negeri Malang. Pembimbing (I) Prof. Dr. Aloysius Duran Corebima M. Pd. (II) Prof. Dr. agr. Mohamad Amin S. Pd. M. Si. (III) Dr. Umie Lestari M. Si. Kata Kunci Keragaman genetik Laor Maluku Monograf Polychaeta. Laor adalah berbagai jenis cacing laut (Polychaeta) yang muncul secara berkala dalam jumlah yang besar di permukaan laut pada waktu tertentu. Laor diidentifikasikan sebagai Lysidice oele dan secara fenotip memiliki bentuk tubuh yang terdiri atas segmen-segmen memiliki chaeta dan pada bagian kepala memiliki tiga antena. Laor merupakan cacing-cacing kecil yang berukuran panjang sekitar 7 cm dengan diameter 1 5 mm sebagian lebih besar tebal dan panjang daripada yang lain. Tubuh memiliki warna yang menarik seperti hijau tua bercampur dengan putih kelabu kuning merah coklat dan sedikit kebiruan. Laor selama ini diidentifikasi secara fenotip padahal fenotip untuk membedakan spesies terbatas sehingga identifikasi secara molekuler perlu dilakukan untuk memperoleh data yang lebih akurat karena analisis dilakukan pada level DNA. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui deskripsi fenotip laor dari perairan Maluku mengetahui keragaman genetik laor dari periran Maluku dengan sekuen gen 16S rRNA hasil deskripsi fenotip dan hasil analisis keragaman genetik dengan sekuen gen 16S rRNA akan dikembangkan monograf tentang laor. Pengamatan fenotip laor yang masih segar dengan mikroskop stereo merek Olympus tipe SZ 51 dengan perbesaran 100X dan didokumentasikan dengan kamera digital merek Samsung 100 SSCAM. Laor kemudian dimasukkan ke dalam larutan alcohol 70% pengamatan fenotip dilanjutkan dengan mikroskop stereo merek Olympus tipe SZX 9 dengan perbesaran 100X. DNA laor diisolasi dengan metode CTAB yang telah dimodifikasi untuk isolasi laor. Laor di PCR dengan Kapa2G Fast ReadyMix untuk mengamplifikasi gen 16S rRNA primer 16 Sar (Forward)(5 - CGCCTGTTTATCAAAAACAT-3 ) dan 16 Sbr (Reverse) (5 - CTCCGGTTTGAACTCAGATCA-3 ). Komposisi amplifikasi PCR DNA laor yaitu Predenaturasi 940C selama 5 menit denaturasi 940C selama 30 detik Annealing 450C selama 30 detik ekstensi 720C selama 30 detik ekstensi akhir 720C selama 10 menit. Hasil amplifikasi PCR DNA laor selanjutnya disekuensing dengan ABI Prism 373 oxl Genetic Analyzerdi First BASE Laboratories Sdn. Bhd. Selangor Malaysia. Analisis fenotip dan keragaman genetik laor dengan analisis deskriptif kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa laor dari perairan Maluku memiliki fenotip yang berbeda-beda mulai dari bentuk tubuh warna tubuh dan ukuran tubuh. Deskripsi fenotip laor dari perairan Maluku berdasarkan jumlah antena maka laor dikelompokkan menjadi 3 kelompok yaitu laor yang memiliki 2 antena dikelompokkan ke family Nereidae genus Perinereis dan Hediste yang memiliki 3 atau 5 antena dikelompokkan ke family Eunicidae genus Lysidice dan Eunice atau Palola yang tidak memiliki antena atau yang antenanya tidak kelihatan tidak dapat dikelompokkan ke family tertentu. Analisis molekuler untuk melihat keragaman genetik laor dengan gen 16S rRNA dilakukan berdasarkan hasil analisis komposisi basa nukleotida analisis filogeni jarak genetik dan nilai similaritas (kesamaan) laor. Laor dari perairan Maluku memiliki presentase basa nukleotida tertinggi yaitu basa Adenin yaitu 38 3% dan presentase basa nukleotida terendah yaitu basa Guanin yaitu 16 9%. Rerata komposisi basa nukleotida secara keseluruhan dari basa yang tertinggi sampai terendah adalah basa Adenin 32 8% Timin 25 2% Cytosin 23 4% dan Guanin 18 6%. Jumlah basa nukleotida hasil amplifikasi laor yang tertinggi adalah 520 bp dan jumlah basa nukleotida terendah adalah 465 bp. Hasil analisis filogeni laor dari perairan Maluku yang dijajarkan dengan Polychaeta dari Genbank dengan pendekatan Neighbor Joining (NJ) dan Maximum Likelihood (ML) maka laor dikelompokkan menjadi 6 (enam) kelompok yaitu laor yang dikelompokkan ke genus Eunice (family Eunicidae) yang dikelompokkan ke spesies Eunice fucata (family Eunicidae) yang dikelompokkan ke genus Lumbrineris (family Lumbrineridae) yang dikelompokkan ke genus Perinereis dan Hediste (family Nereidae) yang dikelompokkan ke spesies Palola viridis (family Eunicidae) yang dikelompokkan ke famili Eunicidae. Hasil analisis jarak genetik dan similaritas laor dari perairan Maluku maka laor terdiri atas 6 (enam) kelompok yaitu spesies Palola viridis (family Eunicidae) spesies Eunice fucata (family Eunicidae) spesies Eunice torquata Eunice gracilicirrata dan Eunice Antarctica (family Eunicidae) spesies Lumbrineris magnidentata (family Lumbrineridae) spesies Perinereis aibuhitensis Perinereis cultrifera dan spesies Hediste atoke (family Nereidae) dan famili Eunicidae. Hasil analisis pohon filogeni jarak genetik dan similaritas berdasarkan sekuen gen 16S rRNA ternyata laor dari perairan Maluku dapat dikelompokkan menjadi beberapa spesies yaitu Palola viridis Eunica fucata Eunice torquata Eunice gracilicirrata Eunice antarctica Lumbrineris magnidentata Perinereis aibuhitensis Perinereis cultrifera Hediste atoke dan famili Eunicidae. Berdasarkan hasil penelitian dikembangkan monograf dengan judul laor Polychaeta dari perairan Maluku (deskripsi fenotip dan Molekuler). Temuan pada penelitian ini berupa jenis-jenis laor dari perairan Maluku yang dianalisis dengan sekuens gen 16S rRNA adalah spesies Palola viridis (family Eunicidae) spesies Eunice fucata (family Eunicidae) spesies Eunice torquata Eunice gracilicirrata dan Eunice Antarctica (family Eunicidae) spesies Lumbrineris magnidentata (family Lumbrineridae) spesies Perinereis aibuhitensis Perinereis cultrifera dan spesies Hediste atoke (family Nereidae) dan famili Eunicidae. Berdasarkan hasil penelitian pembahasan dan kesimpulan disarankan identifikasi dan klasifikasi laor dari seluruh perairan Maluku secara fenotip dan molekuler perlu dilakukan untuk memperoleh data yang akurat sebagai basis data (data base) pengadaan pelatihan budidaya laor untuk pengembangan ekonomi Maluku penyuluhan tentang program konservasi laor penyusunan buku berdasarkan hasil penelitian perlu dilakukan sebagai referensi tambahan dalam perkuliahan menindaklanjuti hasil penelitian ini dengan melakukan penelitian-penelitian tentang laor maupun biota laut yang lain dan deskripsi fenotip dan analisis keragaman genetik laor dari desa-desa lain di perairan Maluku perlu dilakukan dengan menggunakan gen 16S rRNA maupun gen yang lain seperti CO1.

Informasi Detail

DDC

Rd 592.62135 LIL k

Prodi

Universitas Negeri Malang. Program Studi Pendidikan Biologi, 2017.

Deskripsi Fisik

xvii, 214 lembar : il. , tab. ; 30 cm

Bahasa

Indonesia

No Reg

03243/KI/17

Edisi

Disertasi (Pasca Sarjana)--Universitas Negeri Malang. 2017

Subjek

1. CACING LAUT - KERAGAMAN
2. POLYCHAETA - GENETIC DIVERSITY

Pembimbing

1. Aloysius Duran Corebima ; 2. Mohamad Amin ; 3. Umie Lestari

Lampiran Berkas