Skripsi

Skrining turunan alkaloid sebagai kandidat inhibitor protease dari varicella zoster virus menggunakan pendekatan molecular docking / Fadly Ghozali

Abstrak
vii RINGKASAN Ghozali Fadly. 2019. Skrining Turunan Alkaloid sebagai Kandidat Inhibitor Protease dari Varicella Zoster Virus menggunakan Pendekatan Molecular Docking. Skripsi Jurusan Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Malang. Pembimbing (I) Dr. H. Yahmin S.Pd. M.Si. (II) Dr. Suharti S.Pd. M.Si. Kata Kunci alkaloid VZV protease varicella zoster virus molecular docking Varicella Zoster Virus (VZV) adalah salah satu virus yang menyebabkan penyakit herpes zoster. Acyclovir merupakan salah satu senyawa yang secara luas telah digunakan sebagai obat untuk penyakit herpes zoster. Namun resistensi terhadap obat anti VZV ini mulai terbentuk dan juga obat ini memiliki beberapa efek samping seperti gagal ginjal dan neurotoksik sehingga diperlukan pencarian obat baru yang lebih efektif dan aman. VZV protease merupakan salah satu protease yang berperan penting dalam siklus hidup virus varicella zoster. Hal tersebut menjadikan VZV protease berpotensi untuk dijadikan sebagai target inhibisi karena peranannya yang sangat penting dalam proses perakitan kapsid dan pengemasan DNA virus. Inhibitor yang digunakan untuk menginhibisi VZV protease yaitu senyawa turunan alkaloid. Senyawa turunan alkaloid dipilih sebagai inhibitor karena telah terbukti secara in vitro sebagai antivirus untuk virus influenza herpes simplex virus (HSV) dan dengue virus (DENV). Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh senyawa turunan alkaloid yang berpotensi sebagai inhibitor VZV protease dengan metode pendekatan molecular docking dan mengkaji interaksi apa saja yang terjadi antara VZV protease dengan senyawa turunan alkaloid hasil skrining. Penelitian ini termasuk penelitian deskriptif kualitatif dengan menggunakan studi literatur yang relevan. Penelitian ini dilakukan dengan cara membandingkan nilai binding affinity dan juga mengkaji interaksi yang terjadi antara senyawa turunan alkaloid dengan VZV protease. Penelitian ini dilakukan menggunakan pendekatan molecular docking dengan bantuan software PyRx 0.9.5. Metode yang digunakan ada dua macam yaitu metode blind docking dan metode specific docking. Metode blind docking bertujuan untuk mengetahui sifat inhibisi secara non kompetitif ataupun unkompetitif dari ligan terhadap reseptor target sedangkan metode specific docking untuk mengetahui sifat inhibisi secara kompetitif. Hasil dari proses molecular docking kemudian divisualisasikan menggunakan bantuan beberapa software diantaranya software Edu PyMOL LIGPLOT dan Discovery Studio. Ketiga software tersebut digunakan untuk mengkaji interaksi apa saja yang terjadi antara senyawa turunan alkaloid dengan VZV protease. Pada penelitian ini juga dilakukan analisis aturan Lipinski yang bertujuan untuk mengetahui profil senyawa alkaloid yang bisa digunakan untuk obat secara oral. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dengan metode blind docking diperoleh empat senyawa turunan alkaloid yang berpotensi sebagai inhibitor untuk VZV protease. Keempat senyawa turunan alkaloid tersebut yaitu alantrypinone circumdain E lapatin A dan spiroquinazoline yang memiliki nilai binding affinity viii berturut-turut -8 8 -8 8 -9.3 dan -8 9 kkal/mol. Dari metode specific docking diperoleh empat senyawa turunan alkaloid yang berpotensi untuk dijadikan sebagai inhibitor VZV protease. Keempat senyawa turunan alkaloid tersebut yaitu alantrypinone circumdatin E lapatin A dan lapatin B dengan nilai binding affinity berturut-turut -7 5 -7 4 -6 6 dan -6 5 kkal/mol. Hasil visualisasi molekul menggunakan software Edu PyMOL LIGPLOT dan Discovery Studio menunjukkan terbentuknya ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik yang dapat menstabilkan posisi pengikatan ligan dengan reseptor. Hasil dari analisis aturan Lipinski menunjukkan bahwa senyawa alkaloid yang berpotensi sebagai inhibitor VZV protease tersebut memiliki profil yang sesuai dengan lima aturan Lipinski sehingga bisa dijadikan kandidat obat herpes zoster secara oral. Berdasarkan hal tersebut diperoleh ligan circumdatin E yang merupakan ligan yang paling berpotensi sebagai inhibitor VZV protease. Hasil yang diperoleh dalam penelitian ini akan bermanfaat untuk perancangan dan pengembangan obat untuk penyakit herpes zoster di masa yang akan datang. Namun uji pada lab basah perlu dilakukan untuk memvalidasi senyawa ini sebelum menetapkannya sebagai calon obat yang potensial.

Informasi Detail

DDC

Rs 547.7 GHO s

Prodi

Universitas Negeri Malang. Program Studi Kimia, 2019.

Deskripsi Fisik

xviii, 120 lembar : il., tab. ; 30 cm

Bahasa

Indonesia

No Reg

03716/KI/19

Edisi

Skripsi (Sarjana)--Universitas Negeri Malang. 2019

Subjek

1. SENYAWA ALKALOID
2. ALKALOID COMPOUNDS

Pembimbing

1. H. Yahmin; 2. Suharti

Lampiran Berkas